Jo samana vuonna hän pääsi Karjalohjalle pitäjänapulaiseksi ja tässä virassa Erik oli reilut kymmenen vuotta.Näihin aikoihin hänet jo tunnettiin sukunimellä Limnelius. Erikin kotipitäjässä asuneet sisarusten jälkeläiset käyttivät nimimuotoa Limnell 1700-luvun puolivälin paikkeilta lähtien. Puolisokseen Erik Limnelius oli saanut Immolan kylässä asuneen kutsuntakirjuri Henrik Tallqvistin tyttären, Margaretan.
Erikillä ja Margaretalla oli ainakin kolme lasta, joista esikoispoika Henrik seurasi ammatillisella urallaan isäänsä. Hänestä nimittäin tuli Sakkolan kirkkoherra Viipurin konsistorin avoimella kirjeellä elokuun lopulla 1734. Seuraavana syntynyt Jeremias saattaa olla se turkulainen raatimies, joka haudattiin kaupungin ruotsalaisessa seurakunnassa vuonna 1747. Perheen tytär Margareta oli naimisissa Halikon kirkkoherran, rovasti Erik Wideniuksen kanssa. Herra Wideniuksen muistorunosta olen kirjoittanut lyhyesti täällä!Karjalohjalta Erik Limneliuksen perhe muutti Angelniemelle, jonne perheenpää oli määrätty kappalaiseksi.Hän sinnitteli Angelniemellä yli koko Isovihan ajan, mutta joutui venäläisvallan loputtua 1720-luvulla vaikeuksiin Halikon isäntien kanssa. Joulukuussa 1722 nimittäin tuli tarve täyttää pitäjän kappalaisen virka, koska edellinen viranhaltija oli nimitetty kirkkoherraksi. Ehdokkaiksi tuli Limnelius sekä Arvid Paulin, joka oli kotoisin Urjalasta. Herra Paulin oli tullut Isovihan aikaan Halikkoon hoitamaan papillisia tehtäviä. Vuonna 1721 Kustaa Horn ja 19 halikkolaista talollista lausuivat anomuksessaan saada Paulin kappalaiseksi kiitoksen tämän ahkerasta ja uskollisesta palvelusta seurakuntaa kohtaa. Lisäksi huomautettiin, että muut papit olivat paenneet ja jättäneet pitäjäläiset vaille paimenta. Oheisessa kuvassa isäntien puumerkit sekä kreivi Hornin omakätinen allekirjoitus.
Isovihan aikaan Halikon asukkaat olivat suorastaan rukoilleet Erik Limneliusta tulemaan papillisiin toimitukseen, koska mm. kastetta varten apua jouduttiin etsimään Marttilasta, Paimiosta ja Uskelasta. Kappalainen Limnelius oli kuitenkin kieltäytynyt joka kerta.
Joulukuussa 1722 oli sitten vaalin aika vastaehdokkaina siis Arvid Paulin ja Erik Limnelius. Kirkkoherra Anders Aeimelaeus luki piispan sekä konsistorin kirjelmän, jonka mukaan Limnelius oli oppinut, lahjakas ja hoitanut virkojaan pitkään ansiokkaasti. Tämä Halikon seurakuntalaiset vastasivat, että he olivat "kiitollisia piispan ja konsistorin harrastuksesta heidän autuutensa puolesta, mutta he tahtoisivat Jumalan sanaan ja kirkkolakiin perustuen saada tässä asiassa nauttia vapaata vaalioikeutta ja esittivät sitä varten seuraavaa";
Kun he elokuussa 1713 ryssien maahantulon jälkeen jäivät ilman pappia neljäksi kuukaudeksi, niin pyysivät he erittäin hartaasti ja useita kertoja hänen kunnianarvoisuuttaan Limneliusta tulemaan kappelista (Angelniemeltä) emäkirkolle, mutta turhaan. Jumalan sanaa he kävivät kuulemassa ja lapsensa he kastoivat silloin naapuriseurakunnissa; Marttilassa, Paimiossa ja Uskelassa. Suuressa hädässä ja Jumalan sanan nälässä seurakunta sitten ahkeran etsinnän perästä onnistui saamaan uskollisen sielunpaimenen, hänen kunnia-arvoisuutensa Arvid Paulinin, joka melkein yksin hoiti seurakuntaa yhdeksän vuotta sellaisella rakkaudella, hellyydellä ja uskollisuudella, että seurakuntalaisilla on ollut riittävästi hengellistä ravintoa sekä ruumiillista puolustusta ja suojaa.
Ellei hän olisi varovaisesti esiintynyt venäläiseen päällystöön nähden ja usein asettanut omaa henkeänsä sekä vaimonsa ja lapsensa elämää vaaraan, niin olisivat sekä kirkko että seurakunnan jäsenet joutuneet täydelliseen häviöön ja pitäjäläiset olisivat saaneet lähteä kodistaan ja konnustaan, niinkuin monessa muussa paikassa oli tapahtunut. Usein saatiin itkusilmin kuunnella yleisten kuulutusten uhkauksia, jolloin Paulin osoitti rakkautta ja lieventävää vaivannäköä. Tuntien suurta rakkautta häntä kohtaan halusi seurakunta nyt Paulinin kappalaisekseen.
Kirkkoherra Aeimelaeus joutui tähän pitkään puheeseen vastaamaan, että hän ei ollut paikalla kysyäkseen seurakunnan mielipidettä Paulinista, vaan kysyäkseen, ottaisivatko halikkolaiset Erik Limneliuksen kappalaisekseen.
Seurakunta totesi yhdestä suusta, että he eivät halua sanoa pahaa sanaa herra Limneliuksen oppineisuudesta ja elämästä, vaan jättivät ne ja hänen henkilöllisyytensä omaan arvoonsa. He valittivat myös tämän kovasydämisyyttä Isovihan vaikeina vuosina.
Vihdoin sai suunvuoron itse Limnelius. Hän pyysi ymmärrystä toimilleen. Olisihan ollut peräti turvatonta tulla Halikon emäkirkolle, joka sijaitsi "lähellä valtatietä". Tätä Kuninkaantieksi myöhemmin nimettyä väylää pitkin liikkui alituiseen venäläisiä joukko-osastoja. Limnelius muistutti, että hän olisi halunnut tulla paikalle joulunpyhien aikaan ja oli lopulta useasti saarnannutkin Paulinin jo tultua Halikkoon.
Seurakunta palautti Angelniemen kappalaisen maanpinnalle todeten tylysti, että "hän olisi vaaratta voinut tulla, jos hän olisi heitä oikein rakastanut, ja että hän saarnavaivoistaan silloin kuin Paulin koko seurakunnan ja siis myös kappelin puolesta oli ollut Turussa asioilla, oli nauttinut apulaisen kapat koko pitäjästä, jotenka ei se seikka ollut hänelle miksikään ansioksi Pauliniin nähden, joka oli kantanut suurimman kuorman ja pannen oman hyvinvointinsa alttiiksi valvonut uskollisesti koko pitäjän etua vaarallisena aikana".
Limnelius yritti vielä puolustautua papinpenkissä seisten, mutta vaikka kirkkoherra kolmesti kysyi näiden halua saada Limnelius kappalaisen virkaan, he täydellisesti hylkäsivät ehdotuksen.
Erik Limnelius oli itseasiassa saanut jo muutama päivä aikaisemmin valtakirjan Halikon kappalaisen virkaan, mutta lopulta valituksi tuli Arvid Paulin. Tämä joutui kokemaan kovia jatkossakin, koska Isovihan jälkeen koko seutu oli kurjassa kunnossa ja mm. kappalaisen asumukset lähinnä maantasalla.
Erik Limnelius ei siis päässyt Halikon emäpitäjän kappalaiseksi, mutta vihdoin 1730 hänestä tehtiin Turun lähistöllä sijaitsevan Lemun kirkkoherra.
